Sim. O EmissorFiscal assume que os códigos CST (Código de Situação Tributaria) são idênticos tanto para COFINS com para PIS.
No cadastro de produto em Produtos/Serviços > Produtos > botão Ações > Editar > separador Códigos Tributários podemos constatar que basta definir em Código da Situação Tributaria [CST] para PIS/COFINS um só código, que será utilizado simultaneamente para PIS e COFINS.

O EmissorPermite no entanto separar a definição de CST a ser utilizado para o PIS e para o COFINS.
No arquivo web.config localize a chave SplitCST e altera o valor para 1 e reinicie o IIS.

Agora no cadastro do produto será possível definir códigos CST distintos:

Nota:
Esta funcionalidade está apenas disponível em versões PROPRIETARIAS do software.

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